تالاب شهر انزلی، قربانی بیتدبیری مسئولین شده و با مشکلات عدیدهای از قبیل کاهش سطح آب ورودی، ریخته شدن پساب صنعتی و فاضلاب شهرها و روستاهای اطراف روبهرو است. بعلاوه رها سازی زباله های انسانی و صنعتی به این تالاب، جان حیوانات و حداقل ۷۸ گونه پرنده ساکن در منطقه را به خطر انداخته است و اگر به مشکلات آن رسیدگی نشود، در طی سال های آینده به دلیل همین بی توجهی ها شاهد مرگ تدریجی آن خواهیم بود.